Chez les hémichordés et les vertébrés, la partie la plus antérieure ne peut se mettre en place qu’en l’absence de Wnt. La partie intermédiaire nécessite la voie Wnt tandis que la mise en place de la région postérieure est indépendante de Wnt.

La voie est active aux stades de clivage (localisation nucléaire de la β-caténine) et spécifie le destin endomésoderme. Ce tissu ainsi spécifié agit comme organisateur en envoyant des signaux postériorisants à l’ectoderme sus-jacent.

Voie canonique : activation des gènes cibles. Voie calcique : contrôle de l’adhérence et de la motilité des cellules. Voie PCP : réorganisation du cytosquelette.