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Les préparations des banques NGS et TGS suivent globalement les mêmes procédures, sauf que pour le TGS les étapes de fragmentation de l’ADN génomique et d’amplification par PCR sont optionnelles (indiqué par flèches interrompues). Les adaptateurs sont indiqués en rouge et vert. Crédits images : séq...

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Comparaison des méthodes de séquençage Sanger, de nouvelle génération (NGS, next-generation sequencing) et de troisième génération (TGS, third-generation sequencing)

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Séquençage ADN

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Streptococcus pyogenes

Les étapes de l’identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF

A. Prélèvement de la colonie bactérienne avec un cône B. Dépôt de la colonie sur le spot de la plaque et ajout de la matrice sur chaque spot. La plaque comprend plusieurs spots permettant d’identifier séquentiellement plusieurs échantillons. C. Insertion de la plaque dans le spectromètre de masse. D...

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Les étapes de l’identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF

Exemples de spectres obtenus par MALDI-TOF

A. Spectre de Pseudomonas aeruginosa. B. Spectre de Staphylococcus aureus. Ces spectres ont été obtenus avec le MALDI-TOF Biotyper Microflex LT (Bruker). En ordonnées, l’intensité, exprimée en unité arbitraire, correspond à nombre d’ions détectés à un temps donné.

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Exemples de spectres obtenus par MALDI-TOF

Principe de fonctionnement de la technologie MALDI-TOF

En haut : Les analytes ionisés présentent, en fonction de leur masse, des temps de vol différents (ou time of flight, TOF) dans le tube de vol. En bas : Les spectres des temps de vol sont traduits en spectre de masse/charge.

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Principe de fonctionnement de la technologie MALDI-TOF

A. Cocristallisation de l’échantillon et d’une matrice photosensible sur la plaque MALDI.
B. Excitation des molécules photosensibles de la matrice par un laser.
C. Ionisation et désorption de l’échantillon.

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Principe de la désorption-ionisation laser assistée par matrice

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Les principales formes de dynamisme des membranes biologiques

Lorsque que le récepteur-kinase BRI1 lie des brassinostéroïdes (hormones végétales), il phosphoryle la protéine extrinsèque BKI1 qui est alors relarguée de la membrane plasmique. Adapté d’Yvon Jaillais.

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BKI1 : une protéine associée de façon réversible à la membrane plasmique

Cholestérol et phosphatidylsérine sont majoritairement transportés par des échanges non vésiculaires

(A) Le cholestérol est transporté de la membrane du réticulum endoplasmique où il est synthétisé, à la membrane de saccules golgiens contre son gradient. Ce transport actif est possible grâce au gradient identique de PI4P qui est transporté passivement en sens inverse par les mêmes protéines de tran...

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Cholestérol et phosphatidylsérine sont majoritairement transportés par des échanges non vésiculaires

Les membranes sont attachées entre elles par des protéines comme la protéine MCTP. D’après [72].

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Les plasmodesmes : un site de contact entre le réticulum endoplasmique et la membrane plasmique

Principaux sites de contact entre membranes

Cellule végétale (haut) et cellule animale (bas). Adapté de [14].

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Principaux sites de contact entre membranes

Étapes de la fusion d’une vésicule à une membrane cible

Pour l’exemple de la fusion d’une vésicule de l’appareil de Golgi, les facteurs d’attachement sont des golgines et le compartiment cible un saccule golgien.

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Étapes de la fusion d’une vésicule à une membrane cible

(A) Cas général. (B) Endocytose : bourgeonnement de la membrane plasmique. (C) Exocytose : fusion avec la membrane plasmique. (D) Le feuillet cytosolique et le feuillet luminal/extracellulaire restent les mêmes lors du trafic vésiculaire.

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Étapes du transport vésiculaire

Mise en évidence d’échanges entre membranes

Le FM4-64 est un composé amphiphile fluorescent s’insérant dans la membrane plasmique. Au cours du temps, on constate qu’il est transporté vers d’autres membranes du système endomembranaire (réseau trans-golgien, endosomes, tonoplaste).

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Mise en évidence d’échanges entre membranes

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