L’ADN génomique est fragmenté. Chaque fragment est inséré dans un vecteur, puis l’ensemble vecteur-insert est intégré dans une cellule (bactérie, levure…) qui, après étalement, se multiplie pour former une population de cellules toutes identiques (un clone), visible sous la forme d’une colonie.
On constitue alors une collection de clones cellulaires ayant intégré un couple insert-vecteur. Cette collection est nommée « banque d’ADN génomique », puisque ces clones constituent une représentation, que l’on espère la plus complète possible, de l’ADN génomique de l’organisme à séquencer.