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L’acquisition de deux comportements chez des macaques japonais

Arbre généalogique de macaques japonais (Macaca fuscata) de l’île de Koshima (Japon). Parmi ces individus, certains vont au bord de l’eau pour débarrasser les patates douces du sable qui les couvre. Un autre comportement observé dans cette population de macaques est l’« orpaillage » du blé : au lieu...

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L’acquisition de deux comportements chez des macaques japonais
La technologie nanopore

(A) Dans une banque nanopore, des adaptateurs (en noir) sont attachés aux molécules d’ADN double-brin à séquencer (en bleu), comme pour les banques Illumina. Sur chaque adaptateur, une protéine motrice (rouge) est fixée. (B) Dans une cellule de flux d’Oxford Nanopore Technologies (ONT), deux compart...

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La technologie nanopore
La technologie de séquençage single molecule real time (SMRT) de Pacific Biosciences (PacBio)

(A) Pendant la préparation de la banque, des adaptateurs en tige boucle (jaune) sont attachés à des molécules d’ADN double-brin (bleu), ce qui donne des molécules circulaires (SMRT bells). Ensuite, une amorce (rouge) et une polymérase (vert) se fixent sur l’adaptateur. (B) Représentation schématique...

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La technologie de séquençage single molecule real time (SMRT) de Pacific Biosciences (P...
Comparaison des performances des lectures courtes NGS et des lectures longues TGS

(A) Exemple qui montre le problème des régions répétées (en bleu clair) dans un génome, qui ne peuvent être positionnées à des endroits uniques avec des lectures courtes (NGS). Des lectures qui se situent à l’intérieur de ces régions seront assemblées en un seul contig. La région entre les répétitio...

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Comparaison des performances des lectures courtes NGS et des lectures longues TGS ...
Évolution du coût et des capacités de séquençage

(A) Évolution du coût du séquençage d’un génome humain. Source : Ben Moore, réécrit en gnuplot par grendel|khan, CC0, Wikimedia. (B) L'explosion du nombre de génomes séquencés depuis l’apparition des technologies NGS. Le nombre total de génomes humains séquencés est indiqué à gauche et la capacité ...

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Évolution du coût et des capacités de séquençage

(A) Représentation schématique du processus d’amplification en pont (bridge amplification) des clusters sur la cellule de flux (flow cell, trait noir). Les adaptateurs et les oligonucléotides complémentaires présents sur la cellule de flux sont indiqués en rouge et vert, les fragments d’ADN à séquen...

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Le principe de la technologie Illumina
Comparaison des méthodes de séquençage

Les préparations des banques NGS et TGS suivent globalement les mêmes procédures, sauf que pour le TGS les étapes de fragmentation de l’ADN génomique et d’amplification par PCR sont optionnelles (indiqué par flèches interrompues). Les adaptateurs sont indiqués en rouge et vert. Crédits images : séq...

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Comparaison des méthodes de séquençage Sanger, de nouvelle génération (NGS, next-genera...
Séquençage ADN
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Séquençage ADN
Streptococcus pyogenes
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Streptococcus pyogenes
Les étapes de l’identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF

A. Prélèvement de la colonie bactérienne avec un cône B. Dépôt de la colonie sur le spot de la plaque et ajout de la matrice sur chaque spot. La plaque comprend plusieurs spots permettant d’identifier séquentiellement plusieurs échantillons. C. Insertion de la plaque dans le spectromètre de masse. D...

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Les étapes de l’identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF
Exemples de spectres obtenus par MALDI-TOF

A. Spectre de Pseudomonas aeruginosa. B. Spectre de Staphylococcus aureus. Ces spectres ont été obtenus avec le MALDI-TOF Biotyper Microflex LT (Bruker). En ordonnées, l’intensité, exprimée en unité arbitraire, correspond à nombre d’ions détectés à un temps donné.

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Exemples de spectres obtenus par MALDI-TOF
Principe de fonctionnement de la technologie MALDI-TOF

En haut : Les analytes ionisés présentent, en fonction de leur masse, des temps de vol différents (ou time of flight, TOF) dans le tube de vol. En bas : Les spectres des temps de vol sont traduits en spectre de masse/charge.

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Principe de fonctionnement de la technologie MALDI-TOF

A. Cocristallisation de l’échantillon et d’une matrice photosensible sur la plaque MALDI.
B. Excitation des molécules photosensibles de la matrice par un laser.
C. Ionisation et désorption de l’échantillon.

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Principe de la désorption-ionisation laser assistée par matrice
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