Médiathèque
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Arbre généalogique de macaques japonais (Macaca fuscata) de l’île de Koshima (Japon). Parmi ces individus, certains vont au bord de l’eau pour débarrasser les patates douces du sable qui les couvre. Un autre comportement observé dans cette population de macaques est l’« orpaillage » du blé : au lieu...
(A) Dans une banque nanopore, des adaptateurs (en noir) sont attachés aux molécules d’ADN double-brin à séquencer (en bleu), comme pour les banques Illumina. Sur chaque adaptateur, une protéine motrice (rouge) est fixée. (B) Dans une cellule de flux d’Oxford Nanopore Technologies (ONT), deux compart...
(A) Pendant la préparation de la banque, des adaptateurs en tige boucle (jaune) sont attachés à des molécules d’ADN double-brin (bleu), ce qui donne des molécules circulaires (SMRT bells). Ensuite, une amorce (rouge) et une polymérase (vert) se fixent sur l’adaptateur. (B) Représentation schématique...
(A) Exemple qui montre le problème des régions répétées (en bleu clair) dans un génome, qui ne peuvent être positionnées à des endroits uniques avec des lectures courtes (NGS). Des lectures qui se situent à l’intérieur de ces régions seront assemblées en un seul contig. La région entre les répétitio...
(A) Évolution du coût du séquençage d’un génome humain. Source : Ben Moore, réécrit en gnuplot par grendel|khan, CC0, Wikimedia. (B) L'explosion du nombre de génomes séquencés depuis l’apparition des technologies NGS. Le nombre total de génomes humains séquencés est indiqué à gauche et la capacité ...
(A) Représentation schématique du processus d’amplification en pont (bridge amplification) des clusters sur la cellule de flux (flow cell, trait noir). Les adaptateurs et les oligonucléotides complémentaires présents sur la cellule de flux sont indiqués en rouge et vert, les fragments d’ADN à séquen...
Les préparations des banques NGS et TGS suivent globalement les mêmes procédures, sauf que pour le TGS les étapes de fragmentation de l’ADN génomique et d’amplification par PCR sont optionnelles (indiqué par flèches interrompues). Les adaptateurs sont indiqués en rouge et vert. Crédits images : séq...
A. Prélèvement de la colonie bactérienne avec un cône B. Dépôt de la colonie sur le spot de la plaque et ajout de la matrice sur chaque spot. La plaque comprend plusieurs spots permettant d’identifier séquentiellement plusieurs échantillons. C. Insertion de la plaque dans le spectromètre de masse. D...