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Exemple d’analyse de séquences utilisant l’outil zPicture

La représentation graphique en dot-plot met en évidence la présence du transposon dans l’allèle carbonaria.

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Exemple d’analyse de séquences utilisant l’outil zPicture
Alignement des séquences des allèles carbonaria et typica avec Anagène

L’alignement met en évidence l’insertion d’environ 22 000 nucléotides dans l’allèle carbonaria. Pour rendre les bornes de l’insertion visibles, la partie centrale n’est pas représentée.

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Alignement des séquences des allèles carbonaria et typica avec Anagène
Mécanisme hypothétique de l’insertion du transposon carb-TE dans le gène cortex

À l’endroit d’insertion (cible, site accepteur), une courte séquence de 4 paires de bases est dupliquée et encadre l’élément transposable. Ces deux séquences forment une répétition directe et constituent une marque de reconnaissance de la transposition. D'après van't Hof et al., 2016.

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Mécanisme hypothétique de l’insertion du transposon carb-TE dans le gène cortex
Structure schématique du gène cortex

Les allèles typica et carbonaria possèdent chacun 9 exons, numérotés de 1 à 9. Les deux allèles diffèrent par l’insertion dans le premier intron de l’allèle carbonaria d’une séquence d’ADN mobile (un transposon), nommé carb-TE.

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Structure schématique du gène cortex

(A) Forme claire, appelée typica. (B) Forme sombre, appelée carbonaria. Sources des images : forme typica par Olaf Leillinger, CC-BY-SA, Wikimedia ; forme carbonaria par Olaf Leillinger, CC-BY-SA, Wikimedia

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Les deux types de coloration de la phalène du bouleau (Biston betularia)
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Salle de cinéma
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Interféron β humain
Un exemple de contournement de la réponse interférons par des virus

De nombreux virus freinent la production d'interférons en agissant sur la voie de signalisation JAK/STAT. Par exemple, des protéines des virus de l’hépatite C (HCV) et de la dengue (DenV) inhibent une STAT qui est requise pour l’activation de la transcription des gènes stimulés par les interférons. ...

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Un exemple de contournement de la réponse interférons par des virus
Mécanisme physiologique du rétrocontrôle négatif de la production d’IFN

La production d’interférons entraîne la synthèse de la protéine SOCS1, qui inhibe les activateurs de la synthèse d’interférons : de ce fait, la synthèse d’interférons est limitée dans le temps.

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Mécanisme physiologique du rétrocontrôle négatif de la production d’IFN
Interférons de type I et III et voie de signalisation JAK/STAT

La fixation d’un IFN entraîne l’activation des JAK du récepteur, qui phosphorylent le récepteur et s’auto-phosphorylent. Ainsi activées, elles phosphorylent des protéines STAT, qui dimérisent, s’associent avec la protéine accessoire IRF9 (formant ainsi le complexe ISGF3) et relocalisent dans le noya...

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Interférons de type I et III et voie de signalisation JAK/STAT
Mécanismes de production des interférons de type I

Les ADN et ARN viraux sont des PAMP qui peuvent activer plusieurs types de PRR : ici sont représentés TLR, RIG-1 (un RLR) et cGAS. Via des protéines adaptatrices, ces PRR activent IRF3 ou IRF7, qui induisent la production d’interférons, qui sont sécrétés dans le milieu extracellulaire (d’après Khiar...

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Mécanismes de production des interférons de type I
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