Le modèle proposé ici vise à expliquer l'émergence de la cellule eucaryote à partir de l'association entre trois types de micro-organismes : une alphaprotéobactérie, une deltaprotéobactérie et une archée. Ces trois types de micro-organismes auraient été unis par une relation de syntrophie, c’est-à-dire par une association trophique dans laquelle les partenaires se nourrissent des déchets les uns des autres. Dans ce modèle, la matière organique serait produite par photosynthèse en surface du biofilm bactérien par différents types de bactéries dont les cyanobactéries. L'archée dégraderait la matière organique par fermentation et libérerait du dihydrogène H₂. Celui-ci serait recyclé par une deltaprotéobactérie formant du sulfure d’hydrogène H₂S à partir du H₂ et de sulfates SO₄²⁻. Enfin, une alphaprotéobactérie réoxyderait le H₂S et fournirait ainsi le SO₄²⁻ nécessaire à la deltaprotéobactérie. Au cours du temps, cette syntrophie tripartite serait devenue une symbiose obligatoire entre les trois partenaires et aurait conduit à une endosymbiose de l’archée et de l’alphaprotéobactérie dans la deltaprotéobactérie. Ainsi, le noyau de la cellule eucaryote correspondrait à l’archée, la mitochondrie à l'alphaprotéobactérie et le cytoplasme à la deltaprotéobactérie.