Les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (également appelé HLA chez l’être humain) sont situés sur le bras court du chromosome 6. Le CMH de classe I et celui de classe II sont impliqués dans la présentation des antigènes aux lymphocytes T. Les gènes de classe III codent diverses protéines qui jouent des rôles différents dans la réponse immunitaire, mais qui ne sont pas directement impliquées dans la présentation des antigènes.