Le dernier ancêtre commun entre les deux espèces de Xenopus les plus utilisées dans les laboratoires, X. laevis et X. tropicalis, a vécu il y a 48 millions d’années. Un épisode de spéciation il y a 34 millions d’années a produit les deux espèces dites S et L qui se sont ensuite hybridées et ont donné une descendance fertile il y a 17 millions d’années. Un dernier épisode de spéciation a eu lieu peu après donnant naissance à X. laevis et à X. borealis, toutes deux allotétraploïdes.