À partir d’un échantillon contenant des microorganismes, les molécules d’ADN de ces derniers sont extraites puis, grâce à des amorces spécifiques d’une région d’ADN (par exemple l’ARNr 16S pour les bactéries ou la région ITS pour les champignons), des codes-barres moléculaires sont amplifiés et séquencés. Sur ordinateur, les séquences d’ADN codes-barres obtenues sont ensuite regroupées par similarité sous forme d’unités taxonomiques opérationnelles (OTU) puis comparées à des bases de données afin de déterminer leur taxonomie. Dans cet exemple, quatre OTU sont détectées, chacune assignée à une espèce bactérienne. Cependant, les bases de données sont largement incomplètes car de nombreuses espèces bactériennes n’ont pas encore été décrites. Il arrive donc fréquemment qu’une OTU ne puisse être assignée à l’échelle de l’espèce, mais seulement à l’échelle du genre ou de la famille.