Dans une population de référence, chaque individu est génotypé (détermination des SNP possédés) et phénotypé (analyse des performances pour différents traits). Un modèle mathématique permet de déduire l’effet des différents SNP sur le phénotype. Grâce à ces résultats, un éleveur peut estimer le potentiel des différents candidats de son troupeau en les génotypant. Il peut ainsi sélectionner les reproducteurs présentant les valeurs génétiques les plus élevées.