En situation physiologique, les microglies jouent un rôle de soutien aux neurones et de surveillance des pathogènes et des débris cellulaires. Lorsqu’elles sont activées, les gènes exprimés par les microglies changent, ce qui aboutit à une augmentation de leur capacité à réaliser la phagocytose et à sécréter des cytokines pro ou anti-inflammatoires. Elles peuvent ainsi éliminer les pathogènes et les débris cellulaires. Dans certaines maladies neurodégénératives, l’activation des microglies contribue à une inflammation prolongée qui occasionne des effets neurotoxiques.