La huntingtine mutante est clivée en fragments qui transloquent vers le noyau, où ils induisent la mort neuronale par la dérégulation de la machinerie de transcription. Les fragments peuvent former des agrégats (inclusions nucléaires) qui seront dégradés par la voie du protéasome ou qui s’accumuleront, une des caractéristiques de la maladie de Huntington. En parallèle, la huntingtine mutante et ses fragments conduisent à de multiples déficiences par exemple dans la régulation des dynamiques intracellulaires, de l’autophagie, de l’activité des mitochondries et des synapses.