L’ADN néosynthétisé est marqué par un analogue de la thymidine couplé à un fluorochrome (AF647-dUTP, en rouge). Après extraction, l’ADN est digéré par une nickase, c’est-à-dire par une enzyme de restriction coupant un seul des deux brins. Puis, des nucléotides fluorescents sont incorporés au niveau des sites de coupure simple brin, créant une carte de restriction fluorescente, ou « code-barre » optique (en vert) propre à chaque molécule. Les fibres d’ADN sont ensuite conduites par électrophorèse dans des nanocanaux où elles sont étirées de façon rectiligne par confinement, imagées automatiquement puis alignées sur le génome de référence grâce au « code-barre » optique, l'alignement étant basé sur la distance séparant les différents points lumineux. L’ADN est marqué au YOYO-1, un agent intercalant fluorescent (en bleu). Les molécules visualisées ici correspondent à de l’ADN de phage lambda.