(A) Pendant la préparation de la banque, des adaptateurs en tige boucle (jaune) sont attachés à des molécules d’ADN double-brin (bleu), ce qui donne des molécules circulaires (SMRT bells). Ensuite, une amorce (rouge) et une polymérase (vert) se fixent sur l’adaptateur. (B) Représentation schématique d’un puits dans lequel le séquençage a lieu ; la polymérase, qui se fixe sur le fond du puits, incorporera des nucléotides fluorescents, et à chaque évènement d’incorporation un signal fluorescent (« émission ») sera généré après illumination par un laser. Ces signaux sont enregistrés par une caméra en temps réel, ce qui génère un film (movie). (C) Exemple de movie. Les différents nucléotides sont identifiés par leur couleur ; le temps entre les incorporations successives est enregistré également (interpulse duration – IPD, en noir). On remarque que dans cette technologie de séquençage, la vitesse de polymérisation (2 à 4 nucléotides par seconde) est bien plus faible qu’in vivo. La présence d’une modification épigénétique, comme la 6-méthyladénosine (6mA) est responsable d'un IPD plus long, ce qui permet son identification. (D) La qualité des données de séquençage (quality value – QV) augmente fortement quand la polymérase fait plusieurs fois le tour des molécules circulaires. Par exemple, quand la polymérase fait 25 fois le tour, la précision atteint 99,999 % (QV40) et pour 50 tours, la précision atteint 99,9999 % (QV50), ce qui correspond à un taux d’erreur inférieur à celui du séquençage Illumina.