Le mésoderme intermédiaire se forme entre les somites et le mésoderme latéral. Il comporte les crêtes génitales (futures gonades), et les tissus néphrotiques (mésonéphros, au niveau de ces crêtes génitales, qui donnera les conduits génitaux), ou encore métanéphros plus postérieurement (qui donnera les reins chez les Mammifères, non visible sur schéma).
D : face dorsale
V : face ventrale.