Considérons deux individus A et B, ayant cinq loci microsatellites notés v, w, x, y et z sur le chromosome 10. Pour chaque microsatellite, plusieurs allèles existent en fonction du nombre de répétitions de la séquence. Dans cet exemple fictif, on considère que le nombre de répétitions peut être égal à 2, 3, 4 ou 5. L’individu A est de génotype (2//2 ; 2//3 ; 4//2 ; 5//3 ; 3//5) et l’individu B de génotype (4//3 ; 4//5 ; 3//5 ; 2//4 ; 5//3). Ensemble ils ont deux enfants, C (2//3 ; 2//5 ; 4//3 ; 3//2 ; 5//5) et D (2//4 ; 3//4; 4//3 ; 5//4 ; 3//3). A étant le père et B la mère, le chromosome 10 paternel de C est issu d’un crossing-over entre les loci x et y, tandis que pour son chromosome maternel, il y a eu un crossing-over entre w et x, etc. Comme B, C et D sont malades et que la seule région du chromosome 10 en commun est située après le locus w mais avant le locus z, le gène responsable de la pathologie est situé quelque part sur cet intervalle (donc à proximité du locus x). En pratique, plus le nombre de locus microsatellites est élevé, et plus la localisation du gène est précise.