La fixation d’un IFN entraîne l’activation des JAK du récepteur, qui phosphorylent le récepteur et s’auto-phosphorylent. Ainsi activées, elles phosphorylent des protéines STAT, qui dimérisent, s’associent avec la protéine accessoire IRF9 (formant ainsi le complexe ISGF3) et relocalisent dans le noyau, où elles induisent l’expression des ISG (interferon-stimulated genes).