Lorsque des virus zoonotiques (A) entrent en contact avec l’Homme (C) ils rencontrent la barrière d’espèce qui est composée de facteurs cellulaires qui interfèrent avec le cycle viral : les facteurs de restriction. Les virus se répliquent dans le nouvel hôte de manière plus ou moins efficace (D). Des mutations chez les virus se répliquant inefficacement peuvent conduire à une adaptation de ces virus au nouvel hôte (E). Ces virus sont alors dits émergents (F) chez l’Homme. Parmi ces virus certains se transmettront efficacement dans la population humaine (G) et entreront dans le réservoir humain (A'), alors que d’autres, dont l’adaptation est sub-optimale, ne se transmettront pas entre Hommes. Que ce soit dans le réservoir zoonotique ou humain la réplication virale conduit à l’apparition de mutations et donc de nouveaux variants génétiques (B) qui seront sélectionnés par leur capacité à se répliquer dans l’hôte. La diversité génétique des virus est représentée par les différentes couleurs. Les pictogrammes numérotés de 1 à 5 font référence aux différents stades de l’émergence d’un virus humain décrits dans la figure 1.