L'analyse des marqueurs nucléaires et cytoplasmiques (génome chloroplastique), ainsi que des isozymes et des anthocyanes permet de différencier plusieurs groupes (en jaune) parmi les diploïdes sauvages de Musa acuminata. Ces groupes correspondent aux sous-espèces préalablement définies sur des critères morphologiques : le groupe banksii de Nouvelle-Guinée; le groupe malaccensis de la péninsule malaisienne; les groupes burmannica et siamea qui ne peuvent être distingués par leur génome nucléaire et forment un complexe qui recouvre le Sud de la Chine, la Thaïlande, le Myanmar le Bangladesh et le Nord-Est de l'Inde (ce complexe est génétiquement proche du groupe malaccensis dont il partage une partie de l'aire de répartition); le groupe zebrina de Java; le groupe microcarpa d'Indonésie; le groupe errans des Philippines et le groupe truncata endémique des hautes terres de la péninsule malaisienne. L'espèce Musa balbisiana présente une aire de répartition plus nordique et, bien que non domestiquée, a été largement dispersée pour ses nombreux usages. On la retrouve sous forme de petites populations spontanées de la Nouvelle-Guinée à l'Est du Sri-Lanka.