Les amplificateurs (enhancers) sont des séquences situées parfois à plusieurs milliers de nucléotides d'un promoteur et qui, par un jeu d'interactions protéiques, stabilisent le complexe d'initiation, favorisant ainsi la transcription. Ces interactions sont rendues possibles par la courbure de l'ADN qui rapproche des éléments situés à de grandes distances les uns de autres. Cette activation est spécifique du gène et utilise une multitude de facteurs de transcription spécifiques (les protéines activatrices) qui agissent généralement sous forme dimérique.
Une répression spécifique peut agir selon le même type de modalité.