Les données les plus récentes de la phylogénie moléculaire ont permis d’obtenir l’arbre évolutif ci-dessus. Ces données suggèrent que le genre continental le plus apparenté aux iguanes des Galápagos est Ctenosaura, ils auraient divergé il y a près de 8 Ma. De plus, les iguanes marins et terrestres des Galápagos auraient divergé il y a 4,5 Ma. On sait alors que l’événement de colonisation s’est produit au plus vers 8 Ma, mais forcément avant 4,5 Ma. Le clade Ctenosaura et iguanes des Galápagos se serait quant à lui séparé du genre Iguana il y a 14 Ma. Ces datations par la méthode de l’horloge moléculaire sont tout à fait cohérentes avec les âges des îles émergées et immergées.