Le scénario proposant l’arrivée en deux temps des iguanes aux Galápagos se traduit par deux histoires évolutives possibles. La première (A) aurait vu la divergence des iguanes terrestres des Galápagos à partir d’une population d’Iguana. Ensuite, une autre population d’Iguana serait arrivée et aurait donné naissance aux iguanes marins. À l’inverse, on peut imaginer que les iguanes marins aient divergé en premier, puis les iguanes terrestres ensuite (B). Quel que soit l’ordre de divergence, chaque genre d’iguanes des Galápagos est plus proche du genre continental Iguana que de l’autre genre des Galápagos. Cela se traduirait alors par l’un des deux arbres phylogénétiques, A ou B.