Claude Thermes a été directeur de recherche CNRS, responsable de l’équipe de Biologie des génomes au Centre de génétique moléculaire de Gif-sur-Yvette. Depuis 2010, il est directeur de recherche émérite responsable de la plateforme de séquençage de l’Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette).

Claude Thermes s’est consacré à l’étude de la régulation de la transcription lors de l’infection d’Escherichia coli par le bactériophage T4, à la détection bioinformatique des signaux de terminaison de la transcription chez les bactéries, à la régulation de l’épissage alternatif chez l’être humain, à l’étude multiéchelle des asymétries de composition des génomes (N-domaines) et à son application à la détermination du positionnement des nucléosomes et à la détection des origines de réplication du génome humain. Parallèlement à ses fonctions sur la plateforme de séquençage de l’I2BC, il poursuit des travaux sur l’étude bioinformatique des sites fragiles dans le génome humain.