L'eau, en France, n'est souvent pas de bonne qualité, et le but fixé par la directive cadre européenne de 2000 sur l'eau (qui impose aux états membres d'obtenir un "bon état" écologique et chimique de l'eau d'ici 2015, sous réserves de dérogations) ne pourra pas être atteint sans mesures complémentaires. Telles sont en substance les conclusions d'un rapport sur la qualité de l'eau réalisé par le Pr. Jean-Claude Lefeuvre du Muséum National d'Histoire Naturelle.
Pour mesurer la qualité de l'eau, ce rapport utilise des analyses provenant de six grands bassins. Certains résultats se passent de commentaire : ainsi, selon ce rapport, 100 % des eaux souterraines d'Artois-Picardie sont classées à risque ! Ce chiffre n'est "que" de 83 % pour le bassin Seine-Normandie. Toutes eaux confondues, le bassin Rhin-Meuse est le plus mal loti avec 45 % d'eau polluée. D'après ce rapport, seulement 25 à 50 % "des masses d'eau (de surface et souterraines) pourront atteindre un bon état écologique en 2015".
Ces chiffres sont d'autant plus inquiétants qu'ils se basent essentiellement sur la mesure des taux de nitrates et de pesticides (les polluants les plus fréquents) mais négligent de nombreux autres facteurs (antibiotiques, phtalates utilisés dans le PVC, micro-algues, etc...). Il est probable qu'en tenant compte de tous les facteurs, la proportion d'eau de bon état écologique serait encore plus faible. Bien entendu, ce mauvais état écologique de l'eau a des répercussions économiques, comme l'a bien montré la récente interdiction à la vente des huitres et moules du bassin d'Arcachon pour cause de pollution par des micro-algues.
Les solutions semblent passer par des actions préventives et non curatives comme par exemple le développement de talus boisés disposés perpendiculairement à la pente pour ralentir et "filtrer" les eaux de ruissellement, le développement de pratiques culturales faisant moins appel aux pesticides comme le desherbage mécanique, et aux engrais comme l'absence d'épendage par temps de pluie ou en présence de vent, etc...