Durant l'été 2008, un petit bout d'os provenant d'une phalange humaine datant de -40 000 ans était découvert dans une grotte de Sibérie (la grotte de Denisova située dans les Monts Altaï). Au grand étonnement des chercheurs, l'analyse de l'ADN mitochondrial de cet os a révélé qu'il ne correspond ni à celui d'un homme moderne Homo sapiens, ni à celui d'un homme de Néanderthal Homo neanderthalensis (Johannes Krause et coll. The complete mitochondrial DNA genome of an unknown hominin from southern Siberia. Texte intégral accessible en ligne sur le site de la revue Nature). Ce résultat, s'il est confirmé par d'autres études, correspondrait à la découverte d'une nouvelle espèce d'hominidé, aujourd'hui disparue, mais ayant vécue en même temps que l'homme de Néanderthal et l'homme moderne.

La comparaison des ADN mitochondriaux d'Homo sapiens, d'Homo neanderthalensis et de cet "homme de Denisova" fait apparaitre que si l'homme moderne diffère de l'homme de Néanderthal par 202 nucléotides en moyenne, il diffère de l'homme de Denisova par 385 nucléotides en moyenne, soit près du double. Par comparaison, la différence avec le chimpanzé est de 1462 nucléotides. Cela situe le dernier ancêtre commun à cet homme de Dénisova, à l'homme moderne et à l'homme de Néanderthal à environ -1 million d'année contre un peu moins de -500 000 ans pour le dernier ancêtre commun à l'homme moderne et l'homme de Néanderthal.

Cela dit, de l'aveu même des chercheurs ayant fait cette découverte, il faut attendre l'analyse du génome nucléaire de cet os pour pouvoir confirmer toutes ces conclusions initiales. Reste que, après la découverte en 2003 de l'homme de Flores qui semble bien être une espèce à part entière d'hominidé (même s'il y a encore des débat à ce sujet) contemporaine de l'homme de Néanderthal, il se pourrait bien que l'histoire relativement proche de la lignée humaine soit considérablement bouleversée par rapport à ce que l'on pensait jusqu'à présent.