À gauche, les deux domaines têtes de fourche se font face (entrée PDB 7TDW, 7TDX). À droite, les deux domaines sont entremêlés et se lient à deux molécules d’ADN (entrée PDB 3QRF). Le reste des deux protéines FOXP3 n'est pas représenté (chaque protéine FOXP3 ne porte qu'un seul domaine tête de fourche).