Les techniques récentes de séquençage de l’ADN permettent de caractériser un très grand nombre (typiquement plusieurs millions) de variations au niveau des bases nucléotidiques (A, T, G et C), appelées marqueurs SNP (single nucleotide polymorphism en anglais, ou polymorphisme mononucléotidique en français), réparties tout le long des génomes des individus étudiés. On considère ici trois SNP différents (en jaune, bleu et vert), correspondant donc à trois régions du génome différentes et existant en deux versions, représentées par une étoile et un triangle. Pour les SNP 1 et 2, les individus de coloration A ou B ne présentent pas préférentiellement l’une des deux versions de ces SNP. Par contre, on constate que la variante étoile du SNP3 est associée à la coloration A alors que la variante triangle est liée à la coloration B. Cela signifie donc que le gène responsable de la coloration est situé à proximité du site du SNP 3.