La diversité bactérienne du microbiote intestinal augmente durant les premiers mois de vie et devient stable à partir de l'âge de trois ans environ. Durant la vie adulte, la composition du microbiote intestinal est à peu près constante, mais peut varier suite à une maladie ou à la prise de médicaments (antibiotiques notamment) par exemple. La diversité bactérienne diminue chez les personnes âgées.
Les noms des phylums bactériens sont donnés selon la nouvelle nomenclature mise en place en 2021 par le Comité international de systématique des procaryotes. La correspondance est la suivante : Bacillota (ex-Firmicutes), Verrucomicrobiota (ex-Verrucomicrobia), Actinomycetota (ex-Actinobacteria), Bacteroidota (ex-Bacteroidetes), Pseudomonadota (ex-Proteobacteria).
