Cesar Fortes-Lima s'intéresse à la diversité génétique des populations humaines et à la biologie évolutive humaine, en utilisant à la fois des approches expérimentales (production de données génétiques) et des outils bioinformatiques. Il a réalisé une thèse en anthropologie biologique au laboratoire AMIS - UMR5288 CNRS à Toulouse, pour faire la lumière sur les facteurs historiques, démographiques, et génétiques des populations Afro-Américaines avant et après la traite des esclaves. Il cherche en particulier à mieux comprendre l’histoire génétique des migrations et métissages des populations Africaines et Afro-Américaines. Par la suite, en tant que chercheur post-doctorant basé au Musée de l'Homme - UMR7206 CNRS à Paris, il s'est focalisé sur l’application et le développement de méthodes génomiques des populations pour l'inférence démographique.

Actuellement, il est chercheur post-doctorant en anthropologie génétique à l'université d'Uppsala en Suède, pour étudier la diversité génomique des diverses populations d'Afrique et d’Amérique, et l'étude de la réponse adaptative des génomes à la sélection.