Modèles moléculaires

Auteur : Didier Pol


Table des matières

  1. Introduction
  2. Exemples d'animations
  3. Outils
  4. Utilisation pédagogique : Que faire avec un logiciel de modélisation moléculaire ?

1. Introduction

La visualisation tridimensionnelle des molécules sur un écran d'ordinateur ou infographie moléculaire permet de représenter l'image dans l'espace d'un modèle moléculaire. Pour cela, chaque atome constituant la molécule est identifié par ses coordonnées spatiales. Ces dernières sont obtenues par cristallographie, RMN, modélisation moléculaire et sont disponibles dans des banques de données internationales accessibles par l'Internet.
L'infographie moléculaire constitue aujourd'hui un outil pédagogique utilisé dès l'enseignement secondaire. Elle permet d'obtenir différents modes de représentation des molécules et d'identifier certaines de leurs caractéristiques. Il est possible d'élaborer des images fixes, des animations video, des scripts avec menus intégrés, etc.

2. Exemples d'animations

Figure 1 : Rotation d'un ARNt (phénylalanine ARNt de levure)
Animation représentant un ARNt en 3D

Une animation issue du site de RASMOL.

Figure 2 : Sous unité d'hémoglobine (Eric Martz)
Animation molécule d'hémoglobine en 3D

3. Outils

Les outils logiciels nécessaires pour modéliser les molécules sont variés mais certains d'entre eux sont disponibles gratuitement et peuvent être téléchargés sur l'Internet. On trouvera par exemple une version en Français du très populaire logiciel RASMOL sur le site BIO-GEO de l'Institut National de Recherche Pédagogique (INRP) ainsi que diverses extensions destinées aux logiciels de navigation. Il existe un site internet dédié à RASMOL où l'on peut télécharger non seulement RASMOL mais aussi d'autres outils de visualisation des molécules comme PROTEIN EXPLORER. Lien vers le site de RASMOL. Des bibliothèques de coordonnées moléculaires à visée pédagogique peuvent être également téléchargées sur ce site ou sur le site de l'INRP pour ce qui concerne la France.

Télécharger ou utiliser en ligne des logiciels de modélisation moléculaire

4. Utilisation pédagogique : Que faire avec un logiciel de modélisation moléculaire ?

Figure 3 : Différentes représentations d'une sous unité de l'hémoglobine
Animation molécule d'hémoglobine en 3D
 
 
 
 
 
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